Es difícil sintetizar en unas líneas la grandeza artística y teológica del altar mayor del primer templo accitano.
El presbiterio se constituye mediante un pentágono abierto en su totalidad a través de un gran arco a la nave central y por cinco pequeños arcos a la girola. Al mismo se accede a través de una gran escalinata central y dos auxiliares, situadas en dos de los referidos arcos. Todo el programa, tanto arquitectónico como iconográfico constituye el canto de cisne del barroco español.
A modo de retablo, se disponen cinco grandes lienzos, obra de Fernando Marín Chaves, en los que se relata la Vida de la Virgen, ocupa el espacio central el misterio de la Encarnación, titular mariana de la Catedral. En los restantes, se ilustra con maestría La Presentación de la Virgen en el Templo, los Desposorios de la Virgen, El Nacimiento de la Virgen y su Asunción a los Cielos. Todos ellos se encuentran enmarcados con marcos-retablo que aumentan la belleza del conjunto.
En el espacio central, se alza el templete de mármol, para acoger la Exposición de Jesús Sacramentado. A la entrada de la capilla mayor, flanqueándola, se hallan dos inigualables ángeles lampadarios cuyo movimiento y dinamismo roza la irrealidad, portando en sus manos sendas lámparas plateadas que dan luz al Santísimo Sacramento. Son obra, también del XVIII, de Ruiz del Peral. Generalmente se suele encender una luz, pero en esta catedral hay dos por el privilegio del que goza por estar vinculada a la “Real Congregación del Alumbrado y Vela al Santísimo Sacramento del Altar”, establecida en la Capilla Real de Palacio.
Los lienzos que centran los paños de la girola son de más reducidas dimensiones, pero no por ello de menor calidad; ilustran, en este caso, escenas de la infancia del Señor: La huida a Egipto, la Circuncisión de Jesús, la Adoración de los Magos y la de los Pastores, y la Visita de María a Isabel.
Frente al presbiterio, flanqueándolo, se encuentran sendos púlpitos obra de juventud de Ruiz del Peral, siendo la única en piedra que se conoce de este autor. Desde ellos se realizaba la lectura de la palabra de Dios y la Predicación. Realizados en mármoles de gran calidad y piedras semipreciosas como: ágatas, pórfidos y alabastros, que hace que conserven todo su valor plástico y artístico. La iconografía representa a profetas y Reyes del Antiguo Testamento. Todos decapitados en la Guerra Civil, salvo el profeta Jeremías del púlpito del lado del Evangelio.
Cierra el conjunto la grandiosa cúpula central, ricamente decorada, realizada en piedra en sus ocho partes, descansa sobre cuatro pechinas igualmente talladas sobre piedra y profusamente decoradas. En ella se abren ventanales polilobulados y en el espacio central una linterna. En el vano correspondiente al presbiterio y a la Vía Sacra, se encuentra representado en la vidriera el jarrón de azucenas, que encontramos en muchos lugares de la Catedral, por tratarse de la heráldica de las misma. Mucho tuvo que ver en el barroquismo de esta obra el arquitecto Francisco Hurtado Izquierdo, que la configuró sobre diseños precedentes de Vicente Acero y Gaspar Cayón.
