Constituye un espacio singularísimo dentro de la riqueza arquitectónica de la Catedral. Circular en planta y poligonal en su alzado, a ella se accede a través de un excepcional arco de esviaje doble, comúnmente llamado “de cuerno de toro”. Tiene una cripta funeraria, en la que estuvo enterrado el obispo Antonio Rafael Domínguez y Valdecañas. Esta capilla fue proyectada en el siglo XVI por el maestro castellano Diego de Siloé, aunque su construcción se debe al Obispo Juan Orozco y Cobarrubias, de principios de siglo XVII. Constituye toda una novedad tipológica para su momento, y se ajusta a un gran modelo clásico: el Panteón de Roma. Su antecedente directo se encuentra en la capilla Carracioli de la iglesia de San Giovanni de Carbonara, en Nápoles.
Era la capilla de las reliquias, tan importantes en la historia de la Iglesia y, especialmente, después del cisma luterano. Aquí podemos venerar la reliquia del lignum Crucis, una espina de la corona de Cristo, también una reliquia del Papa san Juan XXIII, el cráneo del obispo mártir don Manuel Medina Olmos, el brazo, la mandíbula y el calcáneo de san Torcuato. Actualmente, esta capilla cumple la función de capilla sacramental de la Catedral. Dedicada a la memoria del que fuera el primer obispo y fundador de la diócesis: San Torcuato, alberga tres hermosos retablos barrocos, el central, obra de Francisco Moreno, que contiene en la calle central la imagen de san Torcuato, obra del sevillano Antonio Castillo Lastruci; en las calles laterales los Varones Apostólicos, compañeros de san Torcuato en la misión evangelizadora de Hispania, llamados Tesifonte, Indalecio, Segundo, Eufrasio, Cecilio y Hesiquio. En el ático el bautismo de santa Luparia, la primera conversa de Acci, obra también de Francisco Moreno.
Los retablos laterales albergan la imagen del Ecce Homo, anónimo de escuela granadina del círculo de los Mora, a la izquierda; y san Juanito, magnífica escultura del siglo XVII, de la escuela granadina a la derecha.
Bajo el altar, en una urna de plata, reposan los restos del Obispo accitano Medina Olmos y compañeros mártires, asesinados durante la Guerra Civil y beatificados en 1993 por San Juan Pablo II.
A lo largo del recinto sacro, la disposición de las capillas que jalonan las naves del templo catedralicio, simulan una corte celestial en la que los Santos alaban continuamente al Señor; toda la disposición pues, se encuentra en torno al altar mayor, donde se celebra el Misterio de la Eucaristía.
Todas las capillas, con excepción de la de San Torcuato, gozan de un planteamiento arquitectónico similar, abiertas a través de un inmenso arco de medio punto, de planta rectangular cubiertas por una sobria bóveda donde se reproducen molduras florales y casetones centrados por una estrella de ocho puntas. En su espacio central se ubica un retablo generalmente barroco y sobredorado y en los paños laterales imágenes y lienzos que ilustran historias devocionales y hagiográficas.
Es frecuente en ellas encontrar enterramientos de nobles y prelados que, en su día, aportaron parte de sus bienes o de su entereza y valía personal al servicio de la Iglesia de Guadix.
En esta capilla se albergan varios de los tesoros artísticos y devocionales de la Catedral Accitana. En la hornacina central del retablo está situado el bello conjunto escultórico que da nombre a la capilla, la Sagrada Familia, obra contemporánea de Antonio Castillo Lastrucci; sobre la hornacina, la imagen de Dios Padre, de Torcuato Ruiz del Peral, timbrado por una representación pictórica de San Antonio de Padua.
En la parte derecha, se encuentra la imagen, de factura reciente, del beato Fray Diego José de Cádiz (O. F. M. Cap.), obra de también de Castillo Lastrucci. Fray Diego José fue un gran predicador del siglo XIX. En Guadix, sus sermones tuvieron tal éxito que tuvo que hacerlos en la plaza de la catedral, en vez de en el interior del templo.
En la parte izquierda de esta capilla se encuentra ubicado el lienzo del santo Cristo de Burgos, de Jacinto Angiano (1637), obra que fortuitamente sobrevivió a los sucesos de la Guerra Civil. Destaca en ella la minuciosidad del perisoma en forma de gran faldón.
Esta capilla es la única que conserva enterramientos de obispos. En la parte izquierda la sepultura del obispo don Juan García -Santa Cruz Ortiz, hombre bueno y humilde, que ocupó la Sede de 1992 al 2009. En la parte derecha Fray Vicente Pontes y Cantelar, Orden de San Agustín, obispo de Guadix entre 1876 y 1893. Realizó grandes obras de reparación en la Catedral y costeó la reja exterior.
Ocupa el espacio central del ábside y está dedicada a la Encarnación, advocación que da nombre a la Catedral Accitana, repitiendo de este modo la iconografía central de los lienzos del Presbiterio.
El pequeño retablo barroco alberga en su hornacina un grupo escultórico de pequeño tamaño ilustrando el misterio de la Encarnación. Tanto el arcángel San Gabriel como la Virgen son obra contemporánea de Amadeo Ruiz Olmo.
El retablo queda enmarcado en un arco pintado sobre el muro donde destaca el color azul, jalonado de alegorías que hacen referencia a las virtudes de María, como las letanías: fuente de agua pura, espejo de justicia, fuerte como torre de David, pozo en el desierto, etc…
En esta capilla se encuentra uno de los retablos barrocos más altos y llamativos del Conjunto Catedralicio, en cuya hornacina central se puede admirar la obra inmaculista más bella de la diócesis de Guadix, realizada por el escultor José de Mora, realizada en la segunda mitad del siglo XVII, para el convento de San Francisco el Real de esta ciudad. En el ático se encuentra la imagen de Santa Beatriz de Silva, fundadora de las Concepcionistas Franciscanas, primera orden inmaculista de la Iglesia.
A la izquierda, está el sepulcro del obispo Fray García de Quijada. Es una magnífica estatua yacente del renacimiento con claras influencias italianas, en la que el obispo se encuentra revestido de pontifical. Anteriormente a este emplazamiento, estaba colocado a los pies del presbiterio en la primitiva catedral gótica. García de Quijada fue confesor de Santa Beatriz de Silva y protector de su orden. Gran defensor de la Inmaculada Concepción, devoto reformador y consejero de Isabel la Católica, vino como obispo de Guadix, acompañando a los Reyes Católicos en la toma de la ciudad en 1489.
A la derecha se encuentra el sepulcro de don Antonio Rubio, falecido en 1718, en el que podemos ver una larga inscripción dedicatoria y las siglas D.O.M., jaculatoria que significa: Deo Optimo et Maximo, que traducido dice: Dios bueno y omnipotente.
El retablo barroco central, de grandes entrantes y saliente y acusado sentido ascendente, cobija una imagen reciente del Corazón de Jesús que da nombre a la capilla. La imagen es posterior a la Guerra Civil Española. Esta devoción estuvo promovida por el Obispo don Rafael Álvarez Lara, que sustituyó en la Sede de Guadix al obispo mártir don Manuel Medina Olmos. Don Rafael, devotísimo del Corazón de Cristo, promovió con ahínco la espiritualidad del Sagrado Corazón en la diócesis de Guadix. En 1945, colocó la imagen del Sagrado Corazón de Jesús coronando la torre catedralicia, en un alarde de tecnología para su época, ya que está imagen, en actitud bendiciente, da una vuelta cada doce horas; y por la noche, se ve iluminado su corazón divino, símbolo de amor a la humanidad.
En el lado derecho, enmarcada por bello retablo neobarroco, está la imagen de Santa Teresa de Jesús Jornet, obra del artista granadino Miguel Zúñiga. Santa Teresa de Jesús visitó esta Catedral cuando vino a Guadix a fundar la comunidad de Herramientas de los Ancianos Desamparados.
En el lateral izquierdo hay un gran lienzo que se rinde homenaje al obispo accitano Manuel Medina Olmos, junto al obispo almeriense Diego Ventaja Milán y los compañeros mártires de la Salle. Los prelados fueron beatificados por Juan Pablo II el en Roma en 1993, en una ceremonia presidida por este cuadro.
El retablo barroco sobredorado alberga la imagen, reciente, de Santa Teresa de Jesús, doctora de la Iglesia. A los lados, puertas de nogal talladas cubren vanos hacia el exterior.
A pesar de que la santa reformadora del Carmelo nunca estuvo en Guadix, el Cabildo de esta Catedral profesó gran devoción a la «Santa Andariega». La Catedral conservaba entre sus reliquias más preciadas, una carta autógrafa de la Santa, desgraciadamente desaparecida en 1936.
A sus pies se encuentra un niño Jesús Pasionista, del siglo XVIII, de escuela granadina y autor anónimo, en recuerdo de la aparición en la que, en la escalera de la Encarnación de Ávila, el niño declaró que Él era, «Jesús de Teresa».
En 1516 ocurre un milagro en la vecina localidad de Huéneja. Isabel Berbel, murió cuando contaba con 4 años de edad, a causa de unas calenturas maliciosas. Su madre colocó una estampa de la Beata Teresa sobre el pecho de la niña. A las 9 horas resucitó buena y sana. La resurrección de Isabel de Berbel fue obra milagrosa y sobrenatural de la poderosa mano de Dios por la intercesión de Santa Teresa de Jesús y este milagro sirvió para su causa de canonización.
A la derecha, está la sepultura del canónigo Tomás Porro y Gallo, preclaro Capitular de esta Iglesia, que impulsó la conclusión de la misma y la dotó, a sus expensas de numerosas obras de arte.
A la izquierda se encuentra un lienzo actual, de buena factura, representando a San Pedro Poveda en el barrio de las Cuevas de Guadix.
Ambas capillas, aunque en diferentes espacios (flanquean la capilla de La Encarnación) de la girola, son similares en su trazado y en el retablo que albergan. Su situación en la girola, hace que sean de más reducidas dimensiones que el resto de las capillas catedralicias. En cambio, sobre ellas se yerguen valiosas vidrieras catedralicias que ilustran devotos prelados.
Dichos retablos, que podemos denominar “martiriales” por el predominio del color rojo y las devociones a las que se dedican, son obra del siglo XVIII.
San Fandila, santo de devoción local, es natural de Guadix, nacido en el barrio de la Magdalena. Fue degollado en Córdoba a manos de un cadí musulmán en el año 853, por predicar la Fe Cristiana desafiando los mandatos califales.
San Sebastián, también santo por su defensa de la Fe, es en cambio una devoción universal de la Iglesia. Dicha devoción fue traída por los por los Reyes Católicos.
El retablo estuvo dedicado san Rodrigo, de planta poligonal, estructurado en banco, cuerpo principal, ático y polseras. En la segunda mitad del siglo XX, albergó una escultura de la Inmaculada Concepción, que actualmente se encuentra en el Centro de Interpretación Ruiz del Peral, ubicado en la iglesia del extinto convento de San Francisco el Real de Guadix.
Actualmente la capilla está dedicada a Nuestra Señora de los Dolores, magnifica imagen de vestir tallada en madera policromada de tamaño natural, se realizó aprovechando el rostro y las manos de la primitiva imagen de la Virgen de las Angustias de Guadix, obra realizada por Torcuato Ruiz del Peral, destruida en la Guerra Civil. A la imagen se le incorporó un candelero y trasladó al convento de la Concepción bajo la nueva advocación de Nuestra Señora de los Dolores, dando lugar a la imagen actual con una perfecta conjunción entre el dolor contenido de María y la belleza serena de una madre. Trasladada a este emplazamiento tras la supresión del convento de la Concepción en 2018.
Es la única capilla que no conserva su decoración original y tiene acceso directo a la torre-campanario. El actual retablo se construyó utilizando las ménsulas de sostén de las tuberías horizontales del antiguo órgano de la Catedral, realizado para conmemorar el Año Santo Mariano de 1954 declarado por el papa Pío XII, para celebrar el centenario del dogma de la Inmaculada Concepción. En la hornacina central, que reproduce el presbiterio de la catedral, se sitúa la bella imagen de nuestra Señora del Rosario de Fátima, obra de Juan Polo. En el ático el milagro del sol, y a la izquierda, sobre un simulado balconcillo la inscripción conmemorativa.
En el paramento derecho, la imagen de Santa María Salud del Pueblo Romano (Salus Populi Romani). Se trata de un lienzo de autor anónimo del Siglo XVII, que nos recuerda que esta Catedral está unida a la Basílica Papal de Santa María la Mayor de Roma, con todas las gracias y prerrogativas espirituales que dicha unión le concede. Esta unión fue obra del obispo Antonio Rafael Domínguez y Valdecañas asistente al Concilio Vaticano I.
El retablo barroco alberga la imagen de Nuestra Señora de la Esperanza, imagen procesional dolorosa de vestir, de autor anónimo inspirada en los cánones más genuinos de la Escuela Granadina. Anteriormente, esta capilla estaba dedicada a la Virgen de la Leche, obra de Ruiz del Peral destruida en 1936.
Timbra el retablo un lienzo de los Santos Mártires Apolo, Isacio y Crotato declarados patronos de la villa de Abla por Decreto de 18 de abril de 1629 emitido por el Obispo de Guadix, Juan de Arauz. Esta población, de la provincia de Almería, perteneció a la diócesis de accitana hasta el año 1954. Es curioso el anacronismo de la obra (algo usual en la pintura del Siglo de Oro), pues los tres mártires legionarios romanos, que según la tradición fueron martirizados en el siglo IV, aparecen revestidos con los uniformes militares propios del siglo XVIII.