Como en todos los templos católicos, la sacristía constituye una dependencia imprescindible, pues en ella se guardan y custodian todos los vasos sagrados y vestimentas necesarias para la celebración de la sagrada Eucaristía. Por ello mismo, el elemento más característico de todas las sacristías es su rico mobiliario, en el cual se custodian dichos elementos cultuales.
Pero antes de adentrarnos en la Sacristía Mayor, no podemos dejar pasar desapercibida la riqueza de su ostentosa portada: el más claro ejemplo de arte renacentista en la Catedral.
Flanquean la portada los escudos de dos de los prelados más relevantes de la Silla Episcopal de Guadix: don Martín Pérez de Ayala, gran teólogo y catequeta; y don Melchor Álvarez de Vozmediano, que legó a la Iglesia de Guadix una espectacular colección de libros de diversa temática. Ambos, que vivieron durante el siglo XVI, participaron activamente en el Concilio de Trento y aplicaron los postulados del mismo en la diócesis accitana. Todo el conjunto de la portada destaca por su delicada factura y su estudiada armonía.
En la parte superior de la portada, justo debajo de la bóveda. En el vano, vemos una escultura de un esqueleto sentado sobre una piedra, llamado Frasquito, en alegoría a la muerte. Colocado frente a la cripta y junto al reloj de campanas, testigos de la muerte y del paso del tiempo.
En el interior de la sacristía, destaca, sobre todo, la cúpula profusamente decorada que cierra de forma esférica la planta cuadrada de la Sacristía, descansando sobre pechinas en las que se encuentran los tetramorfos de los Cuatro Evangelistas.
La carpintería, es una obra singular que merece una detenida contemplación. Sobre una de las cajoneras, hay una escultura del Cristo de Humildad y Paciencia, del siglo XVII, de autor anónimo. En el centro resalta la mesa calicera, de gran majestuosidad, cuyo tablero está realizado en mármol de una sola pieza, misma piedra utilizada en las columnas del patio del palacio de Carlos V de la Alhambra.